生体は微生物を「排除」するメカニズムと「共生」するメカニズムの両方を有しています。自然免疫研究室では消化管における微生物の排除と共生のメカニズムを、自然免疫と再生を担当しているパネト細胞（Paneth cell）という腸上皮細胞と、そのエフェクター分子であるαディフェンシンという抗菌ペプチドから研究しています。腸は消化・吸収、免疫、代謝・内分泌、神経、再生・分化及び炎症制御など多彩な機能のいわば「中枢」としてはたらいていると考えられます。私たちは「腸からみれば食も医薬も同じ」と考えており、「医食同源」の真の意味を科学的に解明することを大きな研究目標の一つとしています。私たちの教育と研究は、口腔から腸までの消化管を舞台とする壮大な宿主の粘膜免疫と微生物のクロストークで決まる腸内環境の仕組みや消化・吸収及び再生機構の解明から、潰瘍性大腸炎とクローン病に対する予防法や全く新しい治療法の研究開発はもちろんのこと、肥満、メタボリック症候群、糖尿病など生活習慣病の克服に貢献することを見据えています。自然免疫研究室のメンバーは健康と病気を分けているメカニズムの理解と、腸内環境が関与する病気に対する新しい予防法と治療法の確立を目指して研究に取り組んでいます。