自動構造精密化ソフトLAFIRE

♦ 概説

プログラムLAFIRE (Local-correlation-coefficient-based automatic fitting for refinement)は，初期モデル（断片的な部分モデルも可）から水分子を拾うまで，タンパク質分子構造精密化の過程を全自動で行うためのソフトウェアである． LAFIREは，まず，アミノ酸配列ファイルに基づいて，初期モデルのアミノ酸配列を確認，必要ならばアミノ酸の置換を行う．精密化を含むループに入ると，最初に，欠失部分或いは電子密度（初期位相から計算された電子密度，2Fo-Fc, Fo-Fc)と大きくずれている部分の構造の構築を行う．次に，モデルと電子密度の一致度を１残基ずつ計算して，一致が悪いところについてフィッティングを行う． LAFIREでは精密化はCNS或いはREFMAC5, phenix.refine, autoBUSTERを利用している．また，精密化のモニター用にRfree/Rwork因子のファイル，モデルのRamachandranプロット用ファイルを出力する．

♦ LAFIREの歴史と現状

LAFIREのβバージョンは2004年5月1日に公開したが，その後，８ヶ月のうちに７回のバージョンアップを行ない， 2005年1月1日に新しくLAFIREバージョン1.0として公開することになった．現在，バージョン4.0が公開されている．

    2004年5月〜2009年12月までのLAFIREの更新

2013年6月30日：バージョン4.0

バージョン4.0は以下の点で改善されています．

  1. NAFITおよびNABUILD (核酸構造のフィッティングおよび構築のプログラム)が追加されました
  2. Refmac5およびCNSのほかに，phenix.refineおよびautoBUSTERも精密化プログラムとして選択できるようになりました
  3. LAFIRE_FBDDが利用可能になりました
  4. その他様々なデバッグ

♦ LAFIREのライセンス

非営利の研究目的に使用する場合は，これまでどおり下記にしたがってダウンロードしてお使いください（2007年12月31日まで有効）．営利を目的とする研究に使用する場合は，下記のＥメールアドレスまで御連絡下さい（有料です）．

♦ ダウンロード（非営利の目的で使用する場合に限る）

（既にβバージョン用に登録した方はバージョン1.0以降では新規ユーザーとして登録する必要があります．）

初めてLAFIREをダウンロードする方は，まずユーザーアカウントを申請して下さい． 既にダウンロード用のユーザーアカウントとパスワードを持つ方はダウンロードして下さい． ダウンロードしたLAFIREのインストール方法と使い方はLAFIREマニュアルを参照して下さい(4.0のマニュアルは準備中です)．

♦ References

  1. "LAFIRE: software for automating the refinement process of protein structure analysis".
    YAO M., ZHOU Y., AND TANAKA I., Acta. Cryst., D62, 189-196
  2. "New algorithm for protein model building: extending partial model in map segment".
    ZHOU Y., YAO M., AND TANAKA I., J. Appl. Cryst., 39, 57-63
  3. "New model-fitting and model-completion programs for automated iterative nucleic acid refinement"
    YAMASHITA K., ZHOU Y., TANAKA I., AND YAO M. Acta Cryst., D69, 1171-1179

♦ マニュアル

LAFIREの連絡先： lafire@castor.sci.hokudai.ac.jp