結晶構造解析法によって，SCO0332の立体構造を2.25 Aの分解能で決定した．構造解析 によりSCO0332が多くの転写因子に共通してみられるhelix-turn-helix (HTH) DNA結合モ チーフをもち，2量体構造をとっていることが明らかとなった．また，他のTetRファミリ ーの転写因子と有意な立体構造相同性が確認された．構造相同性が高い，黄色ブドウ球 菌由来の多剤耐性転写因子QacRのリガンド認識部位に相当する位置に，SCO0332にもポケ ットが確認され，その内部に環状構造をもつ低分子化合物の電子密度が確認された．ま た2量体間のHTHモチーフのDNA認識helixの距離が45.9 AとDNAと結合するには大きすぎる ため，本研究で明らかとなった構造はDNA非結合型であり，リガンド結合時にSCO0332が DNA非結合型となって転写調節を行うリプレッサーの機能を有していることが明らかと なった．さらにSELEX解析およびゲルシフトアッセイによりSCO0332のゲノム上の結合 位置，オペレーター部位を決定した．その配列はsco0332の2つ上流の遺伝子sco330の プロモーター部位と重なって存在しており，SCO0332がsco0330の転写調節を行うリプ レッサーであることを明らかにした．
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